医学部工会成立于1950年10月，现有会员2万余名，院级工会14个，工会小组500余个。医学部工会是党领导下的群众组织，是党联系群众的桥梁和纽带，同时也是医学部教职工代表大会的常设工作机构。教职工代表大会设常设主席团和6个专门工作委员会。医学部工会下设2个专门工作委员会，11个教职工群体协会。

医学部工会始终坚持党的领导，牢牢把握正确的政治方向，发挥教代会作用，有效推进提案的办理和落实，不断拓宽教职工表达诉求的民主渠道，凝聚教职工力量。开展选树活动，宣传先进典型，大力弘扬劳模精神、劳动精神、工匠精神，鼓励教职工创先争优。深化技能竞赛，搭建青年教师职业发展平台，助力青年教师队伍建设。坚持以人为本，维护教职工权益，把教职工对美好生活的向往作为工会新的使命担当。组织医学部职工健康促进工程，开展职工体育积分活动，开通线上职工健康讲堂，促进职工身心健康。深化职工之家、暖心驿站建设，温暖、关爱广大教职工。疫情期间，团结教职工同心抗疫，成立防控工作小组，建立联系基层工会工作机制，积极筹措资源做好服务保障，开展送温暖，帮助职工解决实际问题，做好暖心的“娘家人”。不断加强工会自身组织建设，积极创新工作方式，建立网上“职工之家”，开通“北医教工微语”官方微信公众号，开办“杏林学苑”线上课程班，提升工会工作科学化、规范化水平。发挥好党联系群众的桥梁纽带作用，更好地团结和凝聚广大教职工为学校“双一流”建设建功立业。